O Portugal 2020 será operacionalizado através de 16 Programas Operacionais a que acrescem os programas de cooperação territorial nos quais Portugal participará:
Programas Operacionais Temáticos no Continente:
- Competitividade e Internacionalização
- Inclusão Social e Emprego
- Capital Humano
- Sustentabilidade e Eficiência no Uso dos Recursos
Programas Operacionais Regionais no Continente:
- Norte
- Centro
- Lisboa
- Alentejo
- Algarve
- Açores
- Madeira
- Espanha-Portugal
- Madeira-Açores-Canárias
- Espaço Atlântico
- Sudoeste Europeu
- Mediterrâneo
- ESPON, URBACT, INTERACT e INTERREG C
- 1 no Continente;
- 2 nas Regiões Autónomas (Açores e Madeira)
- Programa para o Fundo Europeu dos Assuntos Marítimos e das Pescas (FEAMP)
- Programa Operacional de Assistência Técnica